Departemen AFF memiliki mandat pengembangan di bidang biomedis dengan kajian anatomi, fisiologi, farmakologi dan toksikologi untuk pemahaman perkembangan, struktur, fungsi, mekanisme dan respon sistem tubuh serta perekayasaannya. 

Pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi dalam bidang mikrobiologi, parasitologi, imunologi, epidemiologi dan kesehatan hewan masyarakat veteriner (hygiene pangan asal hewan, sanitasi dan zoonosis) untuk kepentingangan pengendalian penyakit hewan, lingkungan, dan masyarakat. Departeme ini memiliki 3 (tiga) bagian, yakni: Bagian Parasitologi dan Entomologi Kesehatan, Bagian Mikrobiologi Medik, dan Bagian Kesehatan Masyarakat veteriner.

Memiliki mandat pengembangan IPTEKS dalam bidang kemajiran klinik, reproduksi, kebidanan, kemajiran, patologim dan farmasi untuk peningkatan populasi,  manajemen kesehatan, diagnose, dan tindakan pengobatan. Departemen ini memiliki 4 (empat) Bagian dan 1 (satu) Sub Bagian, yakni: Bagian Penyakit Dalam, dan Sub Bagian Farmasi, Bagian Bedah dan Radiologi, Bagian Reproduksi dan kebidanan, dan Bagian Patologi.