Tujuan utama pendidikan kedokteran hewan di Fakultas Kedokteran Hewan Institut Pertanian Bogor adalah menghasilkan sarjana kedokteran hewan dan dokter hewan terampil dan memiliki jiwa kewirausahaan dan kompetensi baik di tingkat regional maupun internasional.

Tujuan tersebut sesuai dengan tujuan yang hendak dicapai oleh IPB sesuai dengan visi dan misinya, yaitu:

  • Menguatkan sistem pendidikan dan kemahasiswaan dengan fokus menghasilkan lulusan yang kompeten, cerdas dan kompetitif.
  • Meningkatkan jumlah dan mutu penelitian terintegrasi sehingga menghasilkan temuan ilmu pengetahuan, paket teknologi yang bermutu dan bermanfaat bagi masyarakat (swasta, pemerintah dan lainnya).
  • Meningkatkan kesejahteraan dosen, tenaga penunjang, dan bantuan/subsidi bagi pendidikan mahasiswa.
  • Meningkatkan kapasitas sumberdaya untuk membangun ketangguhan institut.
  • Menguatkan sistem manajemen untuk menyempurnakan sistem manajemen institut dalam rangka mencapai kesehatan organisasi.