Organisasi Fakultas Kedokteran Hewan IPB terdiri atas Senat Fakultas, Pimpinan Fakultas, Departemen, Bagian serta Ketua Program Studi. Pimpinan fakultas terdiri dari Dekan, Wakil Dekan dan Sekretaris Fakultas yang dalam menjalankan tugasnya dibantu oleh Kepala Tata Usaha sebagai Unit Pelaksana Administrasi.

SENAT FAKULTAS
Ketua : Prof. Dr. Drh. Bambang Purwantara,Msc
Sekretaris :
PIMPINAN FAKULTAS
Dekan : Prof. Drh. Srihadi Agungpriyono, Ph.D, PAVet(K)
Wakil Dekan Bidang Akademik & Kemahasiswaan : Prof. Drh. Agus Setiyono, Ph.D, APVet
Wakil Dekan Bidang Sumberdaya dan Kerjasama : Dr. Drh. Trioso Purnawarman, M.Si
TATA USAHA
Kepala Tata Usaha : Atip Sadarip, SE
Kasi Akademik dan Kemahasiswaan : Triemiaty,ST
Kasi Kepegawaian : Purwo Agus, SE
Kasi Umum : Tjetjep Supardi
DEPARTEMEN ANATOMI FISIOLOGI DAN FARMAKOLOGI
Ketua : Prof. Drh. Arief Boediono, Ph.D, PAVet(K)
Sekretaris : Dr. Drh. Hera Maheshwari, M.Sc, AIF
Bagian Anatomi, Histologi dan Embriologi
Kepala : Prof. Drh. Tutik Wresdiyati, Ph.D, PAVet
Bagian Fisiologi
Kepala : Prof. Ir. Wasmen Manalu, Ph.D
Bagian Farmakologi dan Toksikologi
Kepala : Drh. Min Rahminiwati, MS, Ph.D
DEPARTEMEN ILMU PENYAKIT HEWAN DAN KESEHATAN MASYARAKAT VETERINER
Ketua : Drh. Fadjar Satrija, M.Sc, Ph.D
Sekretaris : Drh. Titiek Sunartatie, MS
Bagian Mikrobiologi Medik
Kepala : Prof. Dr. Drh. Fachriyan Hasmi Pasaribu
Bagian Parasitologi dan Entomologi Kesehatan
Kepala : Prof. Dr. Drh. Umi Cahyaningsih, MS
Bagian Kesehatan Masyarakat Veteriner
Kepala : Dr. Drh. Denny Widaya Lukman, M.Si
DEPARTEMEN KLINIK PATOLOGI DAN REPRODUKSI
Ketua : Prof. Drh. Bambang Pontjo Priosoeryanto, MS, Ph.D, APVet
Sekretaris : Prof. Dr. Dra. R. Iis Arifiantini, M.Si
Bagian Penyakit Dalam
Kepala : Prof. Dr. Drh. Dondin Sajuthi, M.ST
Bagian Bedah dan Radiologi
Kepala : Dr. Drh. Gunanti, MS
Bagian Reproduksi
Kepala : Prof. Dr. Drh. Tuty Lasuardi Yusuf, MS
Bagian Patologi
Kepala : Dr. Drh. Dewi Ratih, APVet